# HG changeset patch
# User siwaa
# Date 1662364490 0
# Node ID 39eb9b8f63e60909348e7be145c170b9d84fd3bb
# Parent 9382bc075d8177816517d066de420e934979cac8
"planemo upload for repository https://forgemia.inra.fr/carboseq/record-projet-carboseq/-/tree/e447822bfb34139524b626bdf1c43997acd9c28c commit e447822bfb34139524b626bdf1c43997acd9c28c-dirty"
diff -r 9382bc075d81 -r 39eb9b8f63e6 preparesim.xml
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/preparesim.xml Mon Sep 05 07:54:50 2022 +0000
@@ -0,0 +1,57 @@
+
+ To prepare the data for simulating
+
+ docker://registry.forgemia.inra.fr/csopra/csopralibs:1.0.0
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+the CarboSeqPrepareSim tool
+===========================
+
+credits
+-------
+
+- Wrapper Maintainer: Patrick Chabrier patrick.chabrier@inrae.fr
+- Tool Maintainer: Eric Casellas eric.casellas@inrae.fr
+- Tool Site: https://forgemia.inra.fr/carboseq/record-projet-carboseq
+- Copyright: INRAE
+
+
diff -r 9382bc075d81 -r 39eb9b8f63e6 runsim.xml
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/runsim.xml Mon Sep 05 07:54:50 2022 +0000
@@ -0,0 +1,57 @@
+
+ To run the simulator
+
+ docker://registry.forgemia.inra.fr/csopra/csopralibs:1.0.0
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+the CarboSeqPrepareSim tool
+===========================
+
+credits
+-------
+
+- Wrapper Maintainer: Patrick Chabrier patrick.chabrier@inrae.fr
+- Tool Maintainer: Eric Casellas eric.casellas@inrae.fr
+- Tool Site: https://forgemia.inra.fr/carboseq/record-projet-carboseq
+- Copyright: INRAE
+
+
diff -r 9382bc075d81 -r 39eb9b8f63e6 test-data/inputs/client.files/crop.csv
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/inputs/client.files/crop.csv Mon Sep 05 07:54:50 2022 +0000
@@ -0,0 +1,41 @@
+ID;NUM;CROP;Till;EOM;CI_CC;Irrig;Yield
+1;1;2.1.1.2;0;1,13;1,40;50;0,3300
+1;2;2.1.1.2;1;2,51;1,74;60;0,1490
+1;3;2.1.1.1;1;3,42;1,27;60;0,2200
+1;4;2.1.1.1;1;2,34;0,00;100;0,2500
+2;1;2.1.1.2;1;0,67;1,23;0;0,1650
+2;2;2.1.1.2;1;3,70;0,00;0;0,1300
+2;3;2.1.1.1;0;2,93;0,00;0;0,2400
+2;4;2.1.1.1;0;2,09;0,00;0;0,2000
+3;1;2.1.2.1;1;0,29;0,00;150;0,7500
+3;2;2.1.2.1;1;4,33;1,26;200;0,7000
+3;3;2.1.2.1;0;2,71;0,00;250;0,7300
+3;4;2.1.2.1;0;0,93;0,00;450;0,7100
+4;1;2.2.1.1;0;0,22;0,00;0;0,1300
+4;2;2.2.1.1;0;0,83;0,00;0;0,1300
+4;3;2.2.1.1;0;2,41;0,00;0;0,0800
+4;4;2.2.1.1;0;2,97;0,00;0;0,1100
+5;1;2.1.1.2;1;1,89;0,00;0;0,1870
+5;2;2.1.1.3;1;3,12;1,21;0;2,5000
+5;3;2.1.1.3;0;2,14;0,00;0;2,3000
+5;4;2.1.1.3;1;3,13;1,74;0;2,1000
+6;1;2.2.1.1;0;2,00;0,00;250;0,1000
+6;2;2.2.1.1;0;3,32;0,00;500;0,0900
+6;3;2.2.1.1;0;1,09;0,00;400;0,1200
+6;4;2.2.1.1;0;2,66;0,00;300;0,1300
+7;1;2.3.1.1;0;3,18;0,00;100;0,1800
+7;2;2.3.1.1;0;3,38;0,00;350;0,1600
+7;3;2.3.1.1;1;1,45;1,38;300;0,1800
+7;4;2.3.1.1;1;2,74;0,77;200;0,1500
+8;1;2.2.3.1;0;2,18;0,00;300;0,1000
+8;2;2.2.3.1;0;4,60;0,00;300;0,1000
+8;3;2.2.3.1;0;1,44;0,00;250;0,0800
+8;4;2.2.3.1;0;2,53;0,00;300;0,1000
+9;1;2.1.1.2;1;3,05;1,05;0;0,2750
+9;2;2.1.1.4;0;3,15;0,00;0;30,0000
+9;3;2.1.1.4;1;1,71;1,89;0;28,0000
+9;4;2.1.1.1;1;1,31;1,47;0;0,2100
+10;1;2.2.3.1;0;2,97;0,00;0;0,0900
+10;2;2.2.3.1;0;2,68;0,00;0;0,1000
+10;3;2.2.3.1;0;0,62;0,00;0;0,0800
+10;4;2.2.3.1;0;3,84;0,00;0;0,0800
diff -r 9382bc075d81 -r 39eb9b8f63e6 test-data/inputs/client.files/meteo.csv
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/inputs/client.files/meteo.csv Mon Sep 05 07:54:50 2022 +0000
@@ -0,0 +1,11 @@
+ID;AVT_JAN;AVT_FEB;AVT_MAR;AVT_APR;AVT_MAY;AVT_JUN;AVT_JUL;AVT_AUG;AVT_SEP;AVT_OCT;AVT_NOV;AVT_DEC;PREC_JAN;PREC_FEB;PREC_MAR;PREC_APR;PREC_MAY;PREC_JUN;PREC_JUL;PREC_AUG;PREC_SEP;PREC_OCT;PREC_NOV;PREC_DEC;ET0_JAN;ET0_FEB;ET0_MAR;ET0_APR;ET0_MAY;ET0_JUN;ET0_JUL;ET0_AUG;ET0_SEP;ET0_OCT;ET0_NOV;ET0_DEC
+1;5,7;6,35;9;11,7;16,08;20,17;22,92;23,35;19,26;15,27;10,46;6,66;55,01;55,76;59,13;62,51;54,78;43,86;27,27;27,99;81,51;95,13;107,33;80,47;27,55;38,17;65,26;85,68;124,47;150,31;174,47;155,55;99,83;61,19;34,17;26,19
+2;6,65;7,15;9,92;12,85;17,22;21,34;24,02;24,17;20,18;16,13;11,51;7,71;59,56;47,24;51,31;60,2;44,15;48,48;40,57;43,82;70,53;74,12;88,41;76,02;29,15;38,57;64,48;84,81;122,18;147,7;168,23;146,79;95,32;58,78;35,44;28,61
+3;6,11;6,59;9,31;12,14;16,53;20,69;23,44;23,67;19,51;15,49;10,83;7,1;59,13;51,08;54,13;60,24;46,72;45,87;36,61;37,04;71,27;77,07;91,22;76,18;28,69;38,33;64,71;85,22;122,17;147,73;169,25;149,16;96,47;59,46;35,27;27,53
+4;6,26;6,57;9,19;12,11;16,52;20,77;23,56;23,63;19,4;15,41;10,97;7,3;68,98;48,99;52,82;58,84;45,96;51,64;44,42;46,67;70,46;69,5;83,25;72,15;30,08;38,88;63,78;85;120,61;145,67;164,36;144,4;93,99;59,01;36,84;29,1
+5;4,66;5;7,85;10,87;15,45;19,71;22,41;22,56;18,06;14,04;9,41;5,61;59,38;46,86;49,95;55,2;42,18;45,74;35,03;40,31;61,07;64,23;79,58;66,46;27,43;36,31;62,43;84,54;120,8;146,87;167,71;147,07;92,77;57,31;34,28;25,93
+6;4,77;5,16;7,98;10,94;15,5;19,74;22,46;22,7;18,2;14,2;9,5;5,7;59,34;50,09;52,69;56,82;42,91;42,23;33,23;35,04;60,9;67,53;83,82;69,26;27,05;36,4;62,97;84,9;121,1;147,12;168,5;148,42;93,9;57,9;34,12;25,5
+7;6,71;7,01;9,56;12,49;16,86;21,1;23,87;23,9;19,79;15,81;11,43;7,78;68,44;47,62;51,6;57,94;45,07;51,76;44,27;46,51;71,23;69,44;83,49;71,84;31,02;39,79;64,45;85,66;121,25;146,24;164,3;144,43;94,99;59,83;37,73;30,1
+8;3,65;3,95;6,87;9,9;14,55;18,88;21,6;21,78;17,05;13,04;8,36;4,55;59,72;47,63;51,36;55,49;43,65;48,91;36,99;41,92;60,45;62,02;74,63;64,15;26,51;35,32;61,38;83,95;119,82;146,6;168,06;147,88;91,81;56,91;33,73;25,11
+9;6,07;6,79;9,36;12,02;16,4;20,44;23,28;23,67;19,57;15,55;10,78;6,99;51,34;56,71;57,26;62,37;55,92;45,23;25,86;30,05;80,03;96,65;104,5;77,21;27,7;38,57;65,44;85,96;125,4;151,43;176,87;157,45;100,91;61,55;34,19;26,57
+10;7,07;7,61;10,12;12,75;17,04;21,07;23,83;24,28;20,41;16,51;11,84;8,06;59,51;59,14;59,29;63,82;50,62;37,17;26,09;27,47;76,06;99,02;109,21;83,84;28,86;39,46;65,97;86,72;125,59;151,73;175;156,03;101,18;62,9;35,95;27,67
diff -r 9382bc075d81 -r 39eb9b8f63e6 test-data/inputs/client.files/soil.csv
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/inputs/client.files/soil.csv Mon Sep 05 07:54:50 2022 +0000
@@ -0,0 +1,11 @@
+ID;CODEX;YEAR;LON;LAT;CF;CLAY;SILT;BD;OC_GKG;OC_THA;pH;CaCO3;TN;Elev;Slope;EXP
+1;BDSP50;1994;45,726270;21,142760;10,0;19,3;52,2;0,85;7,71;167,7850;6,7;65,1;1,00;135;0,00;143,0
+2;BDSP56;2004;46,178740;21,699670;0,0;21,7;31,9;1,29;1,68;55,0700;7,5;39,0;0,70;160;0,80;105,0
+3;BDSP70;1999;46,198620;21,302570;0,0;29,0;57,7;1,05;6,27;132,6970;7,8;60,3;0,60;27;0,40;33,5
+4;BDSP10070;2001;46,591460;21,221710;0,0;9,4;44,1;0,32;9,87;23,4380;6,9;66,8;0,50;88;2,86;349,0
+5;BDSP10087;2001;46,607780;21,282050;2,0;30,5;22,1;0,30;7,80;46,7910;7,4;67,6;0,60;240;0,85;213,0
+6;BDSP10091;2001;46,578380;21,141870;1,0;7,2;23,0;0,24;8,19;35,3000;8,0;59,5;0,40;32;0,10;158,0
+7;BDSP10098;2001;46,667340;21,236030;0,0;2,7;26,0;0,16;5,29;54,7950;7,3;50,6;1,50;142;0,00;122,0
+8;BDSP10099;2001;46,660860;21,218430;1,0;13,2;80,1;0,53;14,18;184,9960;6,2;56,4;0,60;49;0,85;52,5
+9;LAZ2P5;2014;45,388030;21,456140;0,5;32,7;42,8;0,32;8,84;57,4970;8,1;48,9;1,10;230;0,42;77,0
+10;LAZ2P11;2013;45,583640;20,956450;0,0;31,0;49,7;0,48;7,22;67,9960;7,6;55,8;0,30;44;0,90;358,0
diff -r 9382bc075d81 -r 39eb9b8f63e6 test-data/inputs/mapping.files/crop.mapping.csv
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/inputs/mapping.files/crop.mapping.csv Mon Sep 05 07:54:50 2022 +0000
@@ -0,0 +1,39 @@
+"extCropCode","appCropName"
+"2.1.1.1", "Blé"
+"2.1.1.2", "Blé"
+"2.1.1.3", "Blé"
+"2.1.1.4", "Blé"
+"2.1.1.5", "Blé"
+"2.1.1.6", "Blé"
+"2.1.1.7", "Blé"
+"2.1.1.8", "Blé"
+"2.1.1.9", "sol nu"
+
+"2.1.2.1", "Blé"
+"2.1.2.2", "Blé"
+"2.1.3.1", "Blé"
+"2.1.3.2", "Blé"
+
+"2.2.1.1", "Blé"
+"2.2.1.2", "Blé"
+
+"2.2.2.1", "Blé"
+"2.2.2.2", "Blé"
+
+"2.2.3.1", "Blé"
+"2.2.3.2", "Blé"
+
+"2.3.1.1", "Blé"
+"2.3.1.2", "Blé"
+
+"2.4.1.1", "Blé"
+"2.4.1.2", "Blé"
+"2.4.2.1", "Blé"
+"2.4.2.2", "Blé"
+
+"2.4.3.1", "Blé"
+"2.4.3.2", "Blé"
+
+"2.4.4.1", "Blé"
+"2.4.4.2", "Blé"
+
diff -r 9382bc075d81 -r 39eb9b8f63e6 test-data/inputs/mapping.files/property.mapping.csv
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/inputs/mapping.files/property.mapping.csv Mon Sep 05 07:54:50 2022 +0000
@@ -0,0 +1,40 @@
+"extFileName","extColumnName","appFileName","appColumnName"
+
+"soil","ID","usmDataSiteSucc","id_profil_csopra"
+"soil","YEAR","usmDataSiteSucc","start_year"
+"soil","LAT","usmDataSiteSucc","latitude"
+"soil","LON","usmDataSiteSucc","longitude"
+
+"soil","ID","usmData","id_profil_csopra"
+"soil","CLAY","usmData","clay"
+"soil","100-CLAY-SILT","usmData","sand"
+"soil","BD","usmData","bulkd"
+"soil","pH","usmData","ph"
+"soil","SILT","usmData","silt"
+
+"soil","ID","usmSoilDataTimed","id_profil_csopra"
+"soil","OC_THA","usmSoilDataTimed","stock_soc"
+"soil","YEAR","usmSoilDataTimed","start_year"
+
+"crop","ID","matRotCult","id_profil_csopra"
+"crop","NUM","matRotCult","num"
+"crop","CI_CC","matRotCult","ci_cc"
+"crop", "CROP", "matRotCult", "crop_code"
+
+"crop","ID","matRotObsCult","id_profil_csopra"
+"crop","NUM","matRotObsCult","num"
+"crop","CI_CC","matRotObsCult","ci_cc"
+"crop","Yield","matRotObsCult","yield"
+
+"crop","ID","matRotTravSol","id_profil_csopra"
+"crop","Till","matRotTravSol","till"
+"crop","NUM","matRotTravSol","num"
+
+"crop","ID","matRotIrrigation","id_profil_csopra"
+"crop","Irrig","matRotIrrigation","dose_irrig"
+"crop","NUM","matRotIrrigation","num"
+
+"crop","ID","matRotFertOrg","id_profil_csopra"
+
+"crop","NUM","matRotFertOrg","num"
+