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comparison test-data/input/ALIEN/farmer-plan_ALIEN.txt @ 3:3fe3e1e6a40b draft default tip

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"planemo upload for repository https://forgemia.inra.fr/insilicow/insilicow-tool commit b530a8209615f225696abe3e0ba49093ff3dc4ad"
author siwaa
date Mon, 25 Aug 2025 16:37:43 +0000
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children
comparison
equal deleted inserted replaced
2:2722892ff716 3:3fe3e1e6a40b
1 #################################################################################################################
2 # #
3 # InSiliCow #
4 # Virtual farm specification #
5 # #
6 #################################################################################################################
7
8 #################################################################################################################
9 #====== GENERAL SETTINGS #
10 #################################################################################################################
11
12 #______ Include files
13 @include farmer-log.txt # providing log action and trigger
14 @include farmer-base.txt # providing basic components
15
16 #______ Models: specify models for individual cows
17 param_general{
18 garuns_type = garuns_olivier
19 rpm_type = rpm_lite
20 abortion_type = abortion_olivier
21 }
22
23 #______ Simulation: provide time range, output database and code name
24 init{
25 begin_date = $start_date$ 00:00:00
26 end_date = $stop_date$ 23:59:59
27 output_db = db_events.sqlite
28 output_config = config.txt
29 name = $sim_id$
30 }
31
32 #______ Log Farm information
33 link{
34 trigger = init
35 action = log_db farm_tag $farm_tag$
36 action = log_db start_date $start_date$
37 action = log_db stop_date $stop_date$
38 action = log_db now_date $now_date$
39 action = log_db latitude $latitude$
40 action = log_db longitude $longitude$
41 }
42
43 #______ End of simulation
44 trigger{
45 type = chron
46 name = tr_end_simu
47 scheme = $stop_date$ 23:59:58
48 }
49
50 #______ Past and future
51 condition{
52 type = chron_range
53 name = past
54 from = $start_date$ 00:00:00
55 to = $now_date$ 00:00:01
56 }
57
58 condition{
59 type = chron_range
60 name = future
61 from = $now_date$ 00:00:00
62 to = $stop_date$ 23:59:59
63 }
64
65 #______ Day one
66 trigger{
67 type = chron
68 name = day_one_herd
69 scheme = $start_date$ 23:59:59
70 }
71 trigger{
72 type = custom
73 name = day_one
74 }
75 link{
76 trigger = day_one_herd
77 action = broadcast_now day_one
78 }
79
80 #______ Calving tag
81 link{
82 trigger = calving
83 condition = calf_sex male
84 condition = future
85 action = log_db birth_of_male no_tag
86 }
87 link{
88 trigger = calving
89 condition = calf_sex female
90 condition = future
91 action = log_db birth_of_female no_tag
92 }
93
94 #______ Manage initial dam
95 state{
96 state = INITIAL-DAM
97 }
98
99 link{
100 trigger = day_one
101 action = state_add INITIAL-DAM
102 }
103 link{
104 trigger = parturition
105 condition = is_in INITIAL-DAM
106 condition = not is_in IN_WILD
107 action = trigger_later tr_delete_cow 1
108 }
109 trigger{
110 type = custom
111 name = tr_delete_cow
112 }
113 link{
114 trigger = tr_delete_cow
115 action = delete_cow remove_initial_dam
116 }
117
118 #______ Stoechio
119 stoechio{
120
121 }
122
123 #################################################################################################################
124 #====== FARMING #
125 #################################################################################################################
126
127 #______ Keep cows and calves in farm: no natural mating
128
129 link{
130 trigger = enter IN_WILD
131 action = state_move IN_WILD IN_FARM
132 }
133
134 link{
135 trigger = enter WILD_COW
136 action = state_move WILD_COW DRY_COW
137 }
138
139 #______ Remove calf from dam: no natural weaning
140
141 link{
142 trigger = enter SUCKLING_CALF
143 action = state_move SUCKLING_CALF NURSED_CALF
144 }
145
146 #______ Milk cows: no natural drying-off at calf weaning
147
148 link{
149 trigger = enter NURSING_COW
150 action = state_move NURSING_COW LACTATING_COW
151 }
152
153 #______ Optimal feeding
154
155 link{
156 trigger = enter IN_FARM
157 action = trigger_later tr_optimal_feeding 0
158 }
159 trigger{
160 type = custom
161 name = tr_optimal_feeding
162 }
163 link{
164 trigger = tr_optimal_feeding
165 action = change_food optimal
166 }
167
168
169 #################################################################################################################
170 #====== FARM COMPONENTS: genotype #
171 #################################################################################################################
172
173 #______ Genetic_sD: provide Mendelian sampling std dev for transmission of Genetic Scaling Parameters (GSP)
174 # GSP_newborn ~ Normal [ (GSP_mother + GSP_father)/2 , GSP_sd ] | within (min, max)
175
176 genetic_sd{
177 garuns_olivier.WM{
178 sd = 50
179 min = 200
180 max = 800
181 }
182
183 garuns_olivier.khi_M {
184 sd = 0.06
185 min = 0.1
186 max = 0.6
187 }
188
189 garuns_olivier.b0{
190 sd = 0
191 min = 0.80
192 max = 2.40
193 }
194
195 garuns_olivier.nu_X{
196 sd = 0
197 min = 0.2
198 max = 1.8
199 }
200
201 garuns_olivier.nu_Y{
202 sd = 0.1
203 min = 0.2
204 max = 1.8
205 }
206
207 garuns_olivier.nu_F{
208 sd = 0
209 min = 0.50
210 max = 1.50
211 }
212
213 garuns_olivier.nu_P{
214 sd = 0
215 min = 0.50
216 max = 1.50
217 }
218
219 garuns_olivier.eD_star{
220 sd = 0
221 min = 9.0
222 max = 15.0
223 }
224
225 garuns_olivier.NDF_star{
226 sd = 0
227 min = 0.10
228 max = 0.90
229 }
230
231 garuns_olivier.psi{
232 sd = 0
233 min = 0
234 max = 1
235 }
236
237 rpm_lite.nu_I{
238 sd = 0.007
239 min = 0.00
240 max = 0.20
241 }
242
243 rpm_lite.nu_B{
244 sd = 0.07
245 min = 1.20
246 max = 2.20
247 }
248
249 rpm_lite.nu_Z{
250 sd = 0.02
251 min = 0.90
252 max = 1.10
253 }
254 }
255
256 #################################################################################################################
257 #====== FARM COMPONENTS: herd (genotype-based initialization of individual cows) #
258 #################################################################################################################
259
260 #______ INITIALIZATION of ALIEN farm
261
262 #______ Initial dam
263 init_cow{
264 name=initial_dam
265
266 ### ABORTION rules according to days in pregnancy (dip)
267 abortion_olivier.delta = constant 3.0
268 abortion_olivier.enabled = never
269 abortion_olivier.dip = vector constant 17 ; constant 64
270 abortion_olivier.abo = vector constant 0.02 ; constant 0.005 ; constant 0.0004
271 garuns_olivier.WM = norm99 450 50 #450 ± 25
272 garuns_olivier.khi_M = norm99 0.30 0.03 # 0.33 ± 0.03
273 garuns_olivier.b0 = norm99 1.6 0 # 1.6 ± 0.16
274 garuns_olivier.nu_X = norm99 1 0 # 1.0 ± 0.10
275 garuns_olivier.nu_Y = norm99 1.1 0.1 # 1.0 ± 0.10
276 garuns_olivier.nu_F = norm99 1 0 # 1.0 ± 0.02
277 garuns_olivier.nu_P = norm99 1 0 # 1.0 ± 0.02
278 garuns_olivier.eD_star = norm99 10.7 0 # 10.7 ± 0.5
279 garuns_olivier.NDF_star = norm99 0.5 0 # 0.5 ± 0.02
280 garuns_olivier.psi = norm99 0.5 0
281 rpm_lite.nu_B = norm99 1.7 0.07 # 1.7 ± 0.07
282 rpm_lite.nu_Z = norm99 1 0.02 # 1.0 ± 0.02
283 rpm_lite.nu_I = norm99 0.025 0.007 # 0.026 ± 0.007
284 }
285
286 #______ Initial sire
287
288 breed{
289 breed = initial
290 }
291
292 init_bull{
293 name=semen_initial_sire
294 bull.breed_name = initial
295 bull.semens_quality = constant 1.0
296 bull.female_ratio = constant 1.0
297 garuns_olivier.WM = norm99 450 50 #450 ± 25
298 garuns_olivier.khi_M = norm99 0.30 0.03 # 0.33 ± 0.03
299 garuns_olivier.b0 = norm99 1.6 0 # 1.6 ± 0.16
300 garuns_olivier.nu_X = norm99 1 0 # 1.0 ± 0.10
301 garuns_olivier.nu_Y = norm99 1.1 0.1 # 1.0 ± 0.10
302 garuns_olivier.nu_F = norm99 1 0 # 1.0 ± 0.02
303 garuns_olivier.nu_P = norm99 1 0 # 1.0 ± 0.02
304 garuns_olivier.eD_star = norm99 10.7 0 # 10.7 ± 0.5
305 garuns_olivier.NDF_star = norm99 0.5 0 # 0.5 ± 0.02
306 garuns_olivier.psi = norm99 0.5 0
307 rpm_lite.nu_B = norm99 1.7 0.07 # 1.7 ± 0.07
308 rpm_lite.nu_Z = norm99 1 0.02 # 1.0 ± 0.02
309 rpm_lite.nu_I = norm99 0.025 0.007 # 0.026 ± 0.007
310 }
311
312
313 #______ Generate dams of each individual cow to create
314
315 action{
316 type = buy_cow
317 name = buy_dam_of_id0001
318 init_cow = initial_dam
319 init_bull = semen_initial_sire
320 age = 600
321 days_after_conception = -1
322 number = 1
323 }
324
325 action{
326 type = buy_cow
327 name = buy_dam_of_id0002
328 init_cow = initial_dam
329 init_bull = semen_initial_sire
330 age = 600
331 days_after_conception = -30
332 number = 1
333 }
334
335 action{
336 type = buy_cow
337 name = buy_dam_of_id0003
338 init_cow = initial_dam
339 init_bull = semen_initial_sire
340 age = 600
341 days_after_conception = -60
342 number = 1
343 }
344
345 link{
346 trigger = init
347 action = buy_dam_of_id0001
348 action = buy_dam_of_id0002
349 action = buy_dam_of_id0003
350 }
351
352
353 #################################################################################################################
354 #====== FARM COMPONENTS: semen (genotype-based initialization of semen from individual bulls) #
355 #################################################################################################################
356
357
358 #################################################################################################################
359 #====== FARM COMPONENTS: heat detection #
360 #################################################################################################################
361
362
363 #################################################################################################################
364 #====== FARM COMPONENTS: feedstuffs #
365 #################################################################################################################
366
367
368 #################################################################################################################
369 #====== FARM COMPONENTS: diets #
370 #################################################################################################################
371
372
373 #################################################################################################################
374 #====== FARM COMPONENTS: time schemes #
375 #################################################################################################################
376
377
378 #################################################################################################################
379 #====== FARM COMPONENTS: groups #
380 #################################################################################################################
381
382
383 #################################################################################################################
384 #====== FARM COMPONENTS: operations #
385 #################################################################################################################
386
387
388 #################################################################################################################
389 #====== FARM COMPONENTS: transfers #
390 #################################################################################################################
391
392
393 #################################################################################################################
394 #====== FARM COMPONENTS: perturbations #
395 #################################################################################################################
396
397
398 #################################################################################################################
399 #====== FARM COMPONENTS: parcels #
400 #################################################################################################################
401
402