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changeset 0:bc7ae8dd3d3c draft
"planemo upload for repository https://forgemia.inra.fr/redelac commit 841d6c6ada2dad3dd575d25aab620491fda5c611"
| author | siwaa |
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| date | Mon, 19 Jun 2023 15:51:01 +0000 |
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| files | redelacPlanExpander.py redelacPlanExpander.xml test-data/input/Latitude_maille_DRIAS.csv test-data/input/Liste_plantes.csv test-data/input/Station.csv test-data/input/USMs.csv test-data/input/cnrm-cm5-aladin63_rcp8.5_aclim_par_horizon.csv test-data/input/liste_mailles_PdF.csv test-data/input/plan.simu.etude.prairies.UPC_et_sols_PdF_reduit.csv |
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--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/redelacPlanExpander.py Mon Jun 19 15:51:01 2023 +0000 @@ -0,0 +1,212 @@ +import sys +import pandas as pd +import numpy as np + +typeOfRotation = sys.argv [1] +USMsFileName = sys.argv[2] +Liste_plantesFileName = sys.argv[3] +planFileName = sys.argv[4] +maillesFileName = sys.argv[5] +expandedPlanFileName = sys.argv[6] +successiveFileName = sys.argv[7] +StationsFileName = sys.argv[8] +aclimParHorizonFileName = sys.argv[9] +latitudeMailleDriasDFileName= sys.argv[10] +expandedStationsFileName = sys.argv[11] + +# 1) reading the base list of USMs + +#USMsDf = pd.read_excel(basePlanFileName, sheet_name='USMs') +USMsDf = pd.read_csv(USMsFileName, sep=";", keep_default_na=False, na_filter = False) + +# 2) reading the list of plant + +#plantsDf = pd.read_excel(basePlanFileName, sheet_name='Liste_plantes') +plantsDf = pd.read_csv(Liste_plantesFileName, sep=";") + +# 3) reading the plan + +planDf = pd.read_csv(planFileName, sep=";") + +# 4) reading the "mailles" file +maillesDf = pd.read_csv(maillesFileName, sep=";") + +# 5) reading the stations template +StationsDf = pd.read_csv(StationsFileName, sep=";") + +aclimParHorizonDf = pd.read_csv(aclimParHorizonFileName, sep=";") + +latitudeMailleDriasDf = pd.read_csv(latitudeMailleDriasDFileName, sep=";") + +# a new dataframe to hosts the stations in expansion +expandedStationsDf = pd.DataFrame() + +for i, row in planDf.iterrows(): + tmpDf = StationsDf + + safran = int(row['upc'].split('_')[1]) + drias = maillesDf[maillesDf["maille_safran"] == safran].reset_index(drop=True)["maille_drias"][0] + + tmpDfBis = tmpDf; + + for j, rowS in tmpDf.iterrows(): + horizon = rowS['Sta_name'].split('_')[1] + tmpDfBis.at[j, 'Sta_name'] = str(drias) + '_' + horizon + '_sta.xml' + tmpDfBis.at[j, 'aclim'] = aclimParHorizonDf[(aclimParHorizonDf['maille_DRIAS'] == drias) & (aclimParHorizonDf['horizon'] == horizon)].reset_index(drop=True)["aclim"][0] + tmpDfBis.at[j, 'latitude'] = latitudeMailleDriasDf[(latitudeMailleDriasDf['maille_DRIAS'] == drias)].reset_index(drop=True)["latitude"][0] + + expandedStationsDf = pd.concat([expandedStationsDf, tmpDfBis]) + +expandedStationsDf.to_csv(expandedStationsFileName, index = False, sep = ';') + + +# a new dataFrame to host the list of USMs in expansion +expandedDf = pd.DataFrame() + +for i, row in planDf.iterrows(): + tmpDf = USMsDf + + safran = int(row['upc'].split('_')[1]) + drias = maillesDf[maillesDf["maille_safran"] == safran].reset_index(drop=True)["maille_drias"][0] + + tmpDf['upc'] = row['upc'] + tmpDf['ucs'] = row['ucs'] + tmpDf['num_sol'] = row['num_sol'] + + if typeOfRotation == '' : + tmpDf['Norg_sols'] = row['Norg_sols_GC'] + tmpDf['nom_sol_sans_point'] = row['nom_sols_GC_dans_USM'] + else : + tmpDf['Norg_sols'] = row['Norg_sols_PP'] + tmpDf['nom_sol_sans_point'] = row['nom_sols_PP_dans_USM'] + + tmpDf['maille_drias'] = drias + + # Updating the id_simu column + # alias =CONCATENATE(F2;"-";G2;"_";H2;"-";I2;"-";K2;"-";L2;"-";M2) + # new alias = =CONCATENATE(F2;"-";I2;"-";J2;"-";L2;"-";M2;"-";N2) + + tmpDf['id_simu'] = \ + tmpDf.upc + '-' + \ + tmpDf['nom_sol_sans_point'].astype(str) + '-' + \ + tmpDf['systeme'].astype(str) + '-' + \ + tmpDf['code_rotation'].astype(str) + '-' + \ + tmpDf['tete_rotation'].astype(str) + '-' + \ + tmpDf['horizon '].astype(str) + + # Merging 2 sheets in order to solve the VLOOKUP + plantsDf.rename(columns = {'Nom_plante':'culture'}, inplace = True) + tmpDf = pd.merge(tmpDf,plantsDf, how='left', on='culture', sort=False) + + # Updating the usm_name column + # alias =CONCATENATE(F2;"-";G2;"_";H2;"-";I2;"-";K2;"-";L2;"-";M2;"-";N2;"-";VLOOKUP(O2;$Liste_plantes.$A$2:$B$7;2;0)) + # newalias ==CONCATENATE(F2;"-";I2;"-";J2;"-";L2;"-";M2;"-";N2;"-";P2;"-";VLOOKUP(Q2;$Liste_plantes.$A$2:$B$7;2;0)) + + tmpDf['usm_name'] = \ + tmpDf.upc + '-' + \ + tmpDf['nom_sol_sans_point'].astype(str) + '-' + \ + tmpDf['systeme'].astype(str) + '-' + \ + tmpDf['code_rotation'].astype(str) + '-' + \ + tmpDf['tete_rotation'].astype(str) + '-' + \ + tmpDf['horizon '].astype(str) + '-' + \ + tmpDf['annee_fin'].astype(str) + '-' + \ + tmpDf['Code_plante'] + + + # Updating the nomsol column + # alias =CONCATENATE(G2;"_";H2) + + tmpDf['nomsol'] = \ + tmpDf['num_sol'].astype(str) + '_' + \ + tmpDf['Norg_sols'].astype(str) + + + # Updating the fstation column + # alias =CONCATENATE($E2;"_";M2;"_sta.xml") + + tmpDf['fstation'] = \ + tmpDf['maille_drias'].astype(str) + '_' + \ + tmpDf['horizon '].astype(str) + '_sta.xml' + + # Updating the fclim1 column + # alias =CONCATENATE($E2;".";YEAR(R2)) + + tmpDf['fclim1'] = \ + tmpDf['maille_drias'].astype(str) + '.' + \ + pd.to_datetime(tmpDf['Début'], dayfirst = True).dt.year.astype(str) + + # Updating the fclim2 column + # alias =CONCATENATE($E2;".";YEAR(S2)) + + tmpDf['fclim2'] = \ + tmpDf['maille_drias'].astype(str) + '.' + \ + pd.to_datetime(tmpDf['Fin'], dayfirst = True).dt.year.astype(str) + + expandedDf = pd.concat([expandedDf, tmpDf]) + +# now getting the list of simu + +sucessDf = pd.DataFrame() + +listOfSuccessWithNA = expandedDf['id_simu'].unique() + +# en raison des NA on filtre + +listOfSuccess = [x for x in listOfSuccessWithNA if not x.endswith('NA')] + +nbL = len(listOfSuccess) + +# fixing first station before to save + +fi = 0 + +expandedDf.reset_index(inplace = True) + +for succ in listOfSuccess: + + li = expandedDf[expandedDf['id_simu'] == succ].index.max() + + expandedDf.loc[fi:li - 1, 'fstation'] = expandedDf['fstation'][fi + 5] + + fi = li + 1 + +expandedDf.drop(['ucs', 'Code_plante', 'Fichier_plante_STICS'], axis = 1, inplace = True) +expandedDf.to_csv(expandedPlanFileName, index=False, sep = ';') + +fi = 0 + +for succ in listOfSuccess: + + li = expandedDf[expandedDf['id_simu'] == succ].index.max() + + listUofSuccDf = expandedDf.loc[fi:li, "usm_name"].to_frame().reset_index(drop=True) + + fi = li + 1 + + # Adding the USM Columns Name + listUofSuccDf['USM'] = 'USM_' + (listUofSuccDf.index + 1).astype(str) + + # Number of usms inside the succession + nbUofSucc = listUofSuccDf.shape[0] + + # in order to prepare the transposition set USM column as index + listUofSuccDf = listUofSuccDf.set_index('USM') + + listUofSuccDf = listUofSuccDf.transpose() + + # complete the data + + listUofSuccDf['Number_USM'] = nbUofSucc + listUofSuccDf['Treatment'] = succ + + # reorder the columns + + cols = listUofSuccDf.columns.tolist() + cols = cols[-1:] + cols[-2:-1] + cols [:-2] + + listUofSuccDf = listUofSuccDf[cols] + + # complete the list of sucessions + sucessDf = pd.concat([sucessDf,listUofSuccDf]) + +sucessDf.to_csv(successiveFileName, index=False, sep = ';')
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/redelacPlanExpander.xml Mon Jun 19 15:51:01 2023 +0000 @@ -0,0 +1,41 @@ +<tool id="redelacPlanExpander" name="redelacPlanExpander" version="1.0.0"> + <description>to expand REDELAC situations according to a plan</description> + <requirements> + <container type="singularity">docker://registry.forgemia.inra.fr/redelac/redelac-toolbox:latest</container> + </requirements> + <command detect_errors="aggressive"> + <![CDATA[ + python $__tool_directory__/redelacPlanExpander.py ${typeOfRotation} ${USMs} ${Liste_plantes} ${REDELACplan} ${mailles} ${USMsExp} ${SuccessionsExp} ${Stations} ${aclimParHorizon} ${latitudeMailleDrias} ${StationsExp} + ]]> + </command> + <inputs> + <param name="typeOfRotation" type="select" label="Select the type of rotation"> + <option value="PP">Prairie Permanente</option> + <option value="GC">Grande Culture</option> + </param> + <param name="REDELACplan" type="data" format="csv" label="Select a redelac spatial plan (csv)"/> + <param name="USMs" type="data" format="csv" label="Select a USMs list template (csv)"/> + <param name="Liste_plantes" type="data" format="csv" label="Select a Liste_plantes (csv)"/> + <param name="Stations" type="data" format="csv" label="Select a Stations (csv)"/> + <param name="mailles" type="data" format="csv" label="Select mailles files with link between DRIAS and Safran (csv)"/> + <param name="aclimParHorizon" type="data" format="csv" label="Select a aclimParHorizon (csv)"/> + <param name="latitudeMailleDrias" type="data" format="csv" label="Select a latitudeMailleDrias(csv)"/> + </inputs> + <outputs> + <data format="csv" name="USMsExp" label="Expanded list of USMs (csv)"/> + <data format="csv" name="StationsExp" label="Expanded list of meteo Stations (csv)"/> + <data format="csv" name="SuccessionsExp" label="Expanded list of successions (csv)"/> + </outputs> + <tests> + </tests> + <help> +Documentation +------------- +A tool to expand Stics situations according to a REDELAC spatial plan. + +Credits +------- +- Galaxy Tool Maintainer: Patrick Chabrier patrick.chabrier@inrae.fr +- Copyright: INRAE + </help> +</tool>
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/input/Latitude_maille_DRIAS.csv Mon Jun 19 15:51:01 2023 +0000 @@ -0,0 +1,26 @@ +"maille_DRIAS";"latitude" +"13475";48.2537332503976 +"13476";48.2570947360576 +"13477";48.2603578688699 +"13478";48.2635226699594 +"13616";48.3185532965399 +"13617";48.3221164207062 +"13618";48.3255809919808 +"13619";48.3289469597098 +"13620";48.332214434943 +"13621";48.3353834336032 +"13759";48.390388093003 +"13760";48.3939559190643 +"13761";48.3974251222791 +"13762";48.4007956294978 +"13763";48.4040674798586 +"13764";48.407240664915 +"13902";48.4622191401356 +"13903";48.4657916798377 +"13904";48.4692655442783 +"13905";48.4726406493772 +"13906";48.4759169132862 +"13907";48.4790942673405 +"14048";48.5444818638846 +"14049";48.5477625706919 +"14050";48.5509440934264
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/input/Liste_plantes.csv Mon Jun 19 15:51:01 2023 +0000 @@ -0,0 +1,7 @@ +Nom_plante;Code_plante;Fichier_plante_STICS +sol nu;sn;baresoil_plt.xml +maïs fourrage;MF;corn_plt.xml +prairie;PrT;grass_plt.xml +blé tendre;BT;wheat_plt.xml +orge d'hiver;OH;winter_barley_plt.xml +ray grass d'Italie;rgi;ItalianRyegrass_CoverCrop_plt.xml
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/input/Station.csv Mon Jun 19 15:51:01 2023 +0000 @@ -0,0 +1,5 @@ +Sta_name;zr;NH3ref;concrr;latitude;patm;aclim;codeetp;alphapt;codeclichange;codaltitude;altistation;altisimul;gradtn;gradtx;altinversion;gradtninv;cielclair;codadret;ombragetx;ra;albveg;aangst;bangst;corecTrosee;codecaltemp;codernet;coefdevil;aks;bks;cvent;phiv0;coefrnet +14050_ref_sta.xml;2.5;0;0.02;48.56;1000;12.569451;3;1.26;2;1;440;800;-0.5;-0.55;500;1.3;0.8;1;-1.4;50;0.23;0.18;0.62;1;1;2;0.7;6;0.5;0.16;0.004000;0.59 +14050_h1_sta.xml;2.5;0;0.02;48.56;1000;12.465351;3;1.26;2;1;440;800;-0.5;-0.55;500;1.3;0.8;1;-1.4;50;0.23;0.18;0.62;1;1;2;0.7;6;0.5;0.16;0.004000;0.59 +14050_h2_sta.xml;2.5;0;0.02;48.56;1000;12.555518;3;1.26;2;1;440;800;-0.5;-0.55;500;1.3;0.8;1;-1.4;50;0.23;0.18;0.62;1;1;2;0.7;6;0.5;0.16;0.004000;0.59 +14050_h3_sta.xml;2.5;0;0.02;48.56;1000;12.583446;3;1.26;2;1;440;800;-0.5;-0.55;500;1.3;0.8;1;-1.4;50;0.23;0.18;0.62;1;1;2;0.7;6;0.5;0.16;0.004000;0.59
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/input/USMs.csv Mon Jun 19 15:51:01 2023 +0000 @@ -0,0 +1,393 @@ +modele_clim;abbrev_modele_clim;rcp;maille_safran;maille_drias;upc;num_sol;Norg_sols;nom_sol_sans_point;systeme;rotation;code_rotation;tete_rotation;horizon ;annee_debut;annee_fin;culture;verif;id_simu;usm_name;Début;Fin;vérif;datedebut;datefin;finit;nomsol;fstation;fclim1;fclim2;culturean;nbplantes;codesimul;fplt_1;ftec_1;flai_1;fplt_2;ftec_2;flai_2 +cnrm-cm5-aladin63;cca;8.5;1895;14050;781_1895;330562;0.1574;562_NGC25;1;BT_ci_MF;2;BT;NA;1972;1973;blé tendre;;781_1895-562_NGC25-1-2-BT-NA;781_1895-562_NGC25-1-2-BT-NA-1973-BT;10-03-72;15/08/1973;;277;593;snu_ini.xml;330562_0.1574;14050_ref_sta.xml;14050.1972;14050.1973;2;1;0;wheat_plt.xml;1-2-BT_tec.xml;null;null;null;null +cnrm-cm5-aladin63;cca;8.5;1895;14050;781_1895;330562;0.1574;562_NGC25;1;BT_ci_MF;2;BT;NA;1973;1974;ray grass d'Italie;ok;781_1895-562_NGC25-1-2-BT-NA;781_1895-562_NGC25-1-2-BT-NA-1974-rgi;08-16-73;08/03/1974;OK;228;432;snu_ini.xml;330562_0.1574;14050_ref_sta.xml;14050.1973;14050.1974;2;1;0;ItalianRyegrass_CoverCrop_plt.xml;1-2-rgi_tec.xml;null;null;null;null +cnrm-cm5-aladin63;cca;8.5;1895;14050;781_1895;330562;0.1574;562_NGC25;1;BT_ci_MF;2;BT;NA;1974;1974;maïs fourrage;ok;781_1895-562_NGC25-1-2-BT-NA;781_1895-562_NGC25-1-2-BT-NA-1974-MF;03-09-74;01/10/1974;OK;68;274;snu_ini.xml;330562_0.1574;14050_ref_sta.xml;14050.1974;14050.1974;1;1;0;corn_plt.xml;1-2-MF_tec.xml;null;null;null;null +cnrm-cm5-aladin63;cca;8.5;1895;14050;781_1895;330562;0.1574;562_NGC25;1;BT_ci_MF;2;BT;NA;1974;1975;blé tendre;ok;781_1895-562_NGC25-1-2-BT-NA;781_1895-562_NGC25-1-2-BT-NA-1975-BT;10-02-74;15/08/1975;OK;275;592;snu_ini.xml;330562_0.1574;14050_ref_sta.xml;14050.1974;14050.1975;2;1;0;wheat_plt.xml;1-2-BT_tec.xml;null;null;null;null 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