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comparison test-data/input/WILD/farmer-plan_WILD.txt @ 3:3fe3e1e6a40b draft

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"planemo upload for repository https://forgemia.inra.fr/insilicow/insilicow-tool commit b530a8209615f225696abe3e0ba49093ff3dc4ad"
author siwaa
date Mon, 25 Aug 2025 16:37:43 +0000
parents
children
comparison
equal deleted inserted replaced
2:2722892ff716 3:3fe3e1e6a40b
1 #################################################################################################################
2 # #
3 # InSiliCow #
4 # Virtual farm specification #
5 # #
6 #################################################################################################################
7
8 #################################################################################################################
9 #====== GENERAL SETTINGS #
10 #################################################################################################################
11
12 #______ Include files
13 @include farmer-log.txt # providing log action and trigger
14 @include farmer-base.txt # providing basic components
15
16 #______ Models: specify models for individual cows
17 param_general{
18 garuns_type = garuns_olivier
19 rpm_type = rpm_lite
20 abortion_type = abortion_olivier
21 }
22
23 #______ Simulation: provide time range, output database and code name
24 init{
25 begin_date = $start_date$ 00:00:00
26 end_date = $stop_date$ 23:59:59
27 output_db = db_events.sqlite
28 output_config = config.txt
29 name = $sim_id$
30 }
31
32 #______ Log Farm information
33 link{
34 trigger = init
35 action = log_db farm_tag $farm_tag$
36 action = log_db start_date $start_date$
37 action = log_db stop_date $stop_date$
38 action = log_db now_date $now_date$
39 action = log_db latitude $latitude$
40 action = log_db longitude $longitude$
41 }
42
43 #______ End of simulation
44 trigger{
45 type = chron
46 name = tr_end_simu
47 scheme = $stop_date$ 23:59:58
48 }
49
50 #______ Past and future
51 condition{
52 type = chron_range
53 name = past
54 from = $start_date$ 00:00:00
55 to = $now_date$ 00:00:01
56 }
57
58 condition{
59 type = chron_range
60 name = future
61 from = $now_date$ 00:00:00
62 to = $stop_date$ 23:59:59
63 }
64
65 #______ Day one
66 trigger{
67 type = chron
68 name = day_one_herd
69 scheme = $start_date$ 23:59:59
70 }
71 trigger{
72 type = custom
73 name = day_one
74 }
75 link{
76 trigger = day_one_herd
77 action = broadcast_now day_one
78 }
79
80 #______ Calving tag
81 link{
82 trigger = calving
83 condition = calf_sex male
84 condition = future
85 action = log_db birth_of_male no_tag
86 }
87 link{
88 trigger = calving
89 condition = calf_sex female
90 condition = future
91 action = log_db birth_of_female no_tag
92 }
93
94 #______ Manage initial dam
95 state{
96 state = INITIAL-DAM
97 }
98
99 link{
100 trigger = day_one
101 action = state_add INITIAL-DAM
102 }
103 link{
104 trigger = parturition
105 condition = is_in INITIAL-DAM
106 condition = not is_in IN_WILD
107 action = trigger_later tr_delete_cow 1
108 }
109 trigger{
110 type = custom
111 name = tr_delete_cow
112 }
113 link{
114 trigger = tr_delete_cow
115 action = delete_cow remove_initial_dam
116 }
117
118 #______ Stoechio
119 stoechio{
120
121 }
122
123 #################################################################################################################
124 #====== FARM COMPONENTS: genotype #
125 #################################################################################################################
126
127 #______ Genetic_sD: provide Mendelian sampling std dev for transmission of Genetic Scaling Parameters (GSP)
128 # GSP_newborn ~ Normal [ (GSP_mother + GSP_father)/2 , GSP_sd ] | within (min, max)
129
130 genetic_sd{
131 garuns_olivier.WM{
132 sd = 50
133 min = 200
134 max = 800
135 }
136
137 garuns_olivier.khi_M {
138 sd = 0.06
139 min = 0.1
140 max = 0.6
141 }
142
143 garuns_olivier.b0{
144 sd = 0
145 min = 0.80
146 max = 2.40
147 }
148
149 garuns_olivier.nu_X{
150 sd = 0
151 min = 0.2
152 max = 1.8
153 }
154
155 garuns_olivier.nu_Y{
156 sd = 0.1
157 min = 0.2
158 max = 1.8
159 }
160
161 garuns_olivier.nu_F{
162 sd = 0
163 min = 0.50
164 max = 1.50
165 }
166
167 garuns_olivier.nu_P{
168 sd = 0
169 min = 0.50
170 max = 1.50
171 }
172
173 garuns_olivier.eD_star{
174 sd = 0
175 min = 9.0
176 max = 15.0
177 }
178
179 garuns_olivier.NDF_star{
180 sd = 0
181 min = 0.10
182 max = 0.90
183 }
184
185 garuns_olivier.psi{
186 sd = 0
187 min = 0
188 max = 1
189 }
190
191 rpm_lite.nu_I{
192 sd = 0.007
193 min = 0.00
194 max = 0.20
195 }
196
197 rpm_lite.nu_B{
198 sd = 0.07
199 min = 1.20
200 max = 2.20
201 }
202
203 rpm_lite.nu_Z{
204 sd = 0.02
205 min = 0.90
206 max = 1.10
207 }
208 }
209
210 #################################################################################################################
211 #====== FARM COMPONENTS: herd (genotype-based initialization of individual cows) #
212 #################################################################################################################
213
214 #______ INITIALIZATION of WILD herd
215
216 link{
217 trigger = init
218 action = buy_calf genotype_cow_wild $nb_cow$
219 }
220
221
222 #################################################################################################################
223 #====== FARM COMPONENTS: semen (genotype-based initialization of semen from individual bulls) #
224 #################################################################################################################
225
226
227 #################################################################################################################
228 #====== FARM COMPONENTS: heat detection #
229 #################################################################################################################
230
231
232 #################################################################################################################
233 #====== FARM COMPONENTS: feedstuffs #
234 #################################################################################################################
235
236
237 #################################################################################################################
238 #====== FARM COMPONENTS: diets #
239 #################################################################################################################
240
241
242 #################################################################################################################
243 #====== FARM COMPONENTS: time schemes #
244 #################################################################################################################
245
246
247 #################################################################################################################
248 #====== FARM COMPONENTS: groups #
249 #################################################################################################################
250
251
252 #################################################################################################################
253 #====== FARM COMPONENTS: operations #
254 #################################################################################################################
255
256
257 #################################################################################################################
258 #====== FARM COMPONENTS: transfers #
259 #################################################################################################################
260
261
262 #################################################################################################################
263 #====== FARM COMPONENTS: perturbations #
264 #################################################################################################################
265
266
267 #################################################################################################################
268 #====== FARM COMPONENTS: parcels #
269 #################################################################################################################
270
271