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#                                                                                                               #
#	InSiliCow                                                                                               #
#	Virtual farm specification                                                                              #
#                                                                                                               #
#################################################################################################################

#################################################################################################################
#====== GENERAL SETTINGS                                                                                        #
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#______ Include files  
@include farmer-log.txt		# providing log action and trigger
@include farmer-base.txt	# providing basic components

#______ Models: specify models for individual cows
param_general{
	garuns_type   = garuns_olivier
	rpm_type      = rpm_lite
	abortion_type = abortion_olivier	
}

#______ Simulation: provide time range, output database and code name
init{
	begin_date  = $start_date$ 00:00:00
	end_date    = $stop_date$ 23:59:59
 	output_db   = db_events.sqlite
 	output_config = config.txt
 	name        = $sim_id$
}

#______ Log Farm information
link{
  trigger = init
  action = log_db farm_tag $farm_tag$
  action = log_db start_date $start_date$
  action = log_db stop_date $stop_date$
  action = log_db now_date $now_date$
  action = log_db latitude $latitude$
  action = log_db longitude $longitude$
}  

#______ End of simulation
trigger{
  type   = chron
  name   = tr_end_simu
  scheme = $stop_date$ 23:59:58 
}

#______ Past and future
condition{
  type = chron_range
  name = past
  from = $start_date$ 00:00:00
  to   = $now_date$ 00:00:01
}

condition{
  type = chron_range
  name = future
  from = $now_date$ 00:00:00
  to   = $stop_date$ 23:59:59
}

#______ Day one
trigger{
    type   = chron
    name   = day_one_herd
    scheme = $start_date$ 23:59:59
}
trigger{
    type = custom
    name = day_one
}
link{
    trigger = day_one_herd
    action  = broadcast_now day_one
}

#______ Calving tag
link{
    trigger = calving
    condition = calf_sex male
    condition = future
    action = log_db birth_of_male no_tag
}
link{
    trigger = calving
    condition = calf_sex female
    condition = future
    action = log_db birth_of_female no_tag
}

#______ Manage initial dam
state{
  state = INITIAL-DAM
}

link{
    trigger = day_one
    action = state_add INITIAL-DAM
}
link{
    trigger = parturition
    condition = is_in INITIAL-DAM
    condition = not is_in IN_WILD
    action = trigger_later tr_delete_cow 1
}
trigger{
  type     = custom
  name     = tr_delete_cow
}
link{
  trigger = tr_delete_cow
  action  = delete_cow remove_initial_dam
}

#______ Stoechio
stoechio{

}

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#====== FARM COMPONENTS: genotype										#
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#______ Genetic_sD: provide Mendelian sampling std dev for transmission of Genetic Scaling Parameters (GSP)
#	GSP_newborn ~ Normal [ (GSP_mother + GSP_father)/2 , GSP_sd ] | within (min, max)

genetic_sd{
	garuns_olivier.WM{   
	  sd  = 50
	  min = 200
	  max = 800
	}
	
	garuns_olivier.khi_M {
	  sd  = 0.06
	  min = 0.1 
	  max = 0.6
	}
	
	garuns_olivier.b0{
	  sd  = 0
	  min = 0.80
	  max = 2.40
	}
	
	garuns_olivier.nu_X{
      	  sd  = 0
	  min = 0.2
	  max = 1.8
	}
	
	garuns_olivier.nu_Y{
	  sd  = 0.1
	  min = 0.2
	  max = 1.8
	}
	
	garuns_olivier.nu_F{
          sd  = 0
	  min = 0.50
	  max = 1.50
	}
	
	garuns_olivier.nu_P{
	  sd  = 0
	  min = 0.50
	  max = 1.50
	}

	garuns_olivier.eD_star{
	  sd  =  0
	  min =  9.0
	  max = 15.0
	}

	garuns_olivier.NDF_star{
	  sd  =  0
	  min =  0.10
	  max =  0.90
	}

	garuns_olivier.psi{
	  sd  =  0
	  min =  0
	  max =  1
	}

	rpm_lite.nu_I{
	  sd  =  0.007
	  min =  0.00
	  max =  0.20
	}

	rpm_lite.nu_B{
	  sd  =  0.07
	  min =  1.20
	  max =  2.20
	}

	rpm_lite.nu_Z{
	  sd  =  0.02
	  min =  0.90
	  max =  1.10
	}
}

#################################################################################################################
#====== FARM COMPONENTS: herd (genotype-based initialization of individual cows)				#
#################################################################################################################

#______ INITIALIZATION of WILD herd

link{
  trigger = init
  action  = buy_calf genotype_cow_wild $nb_cow$
}


#################################################################################################################
#====== FARM COMPONENTS: semen (genotype-based initialization of semen from individual bulls)			#
#################################################################################################################


#################################################################################################################
#====== FARM COMPONENTS: heat detection 									#
#################################################################################################################


#################################################################################################################
#====== FARM COMPONENTS: feedstuffs	 									#
#################################################################################################################


#################################################################################################################
#====== FARM COMPONENTS: diets		 									#
#################################################################################################################


#################################################################################################################
#====== FARM COMPONENTS: time schemes	 									#
#################################################################################################################


#################################################################################################################
#====== FARM COMPONENTS: groups		 									#
#################################################################################################################


#################################################################################################################
#====== FARM COMPONENTS: operations	 									#
#################################################################################################################


#################################################################################################################
#====== FARM COMPONENTS: transfers	 									#
#################################################################################################################


#################################################################################################################
#====== FARM COMPONENTS: perturbations	 									#
#################################################################################################################


#################################################################################################################
#====== FARM COMPONENTS: parcels	 									#
#################################################################################################################